주의 사항 체크리스트

아래 표는 transport 계산에서 자주 발생하는 입력·후처리 오류를 증상 기준으로 정리한 것이다. 계산이 이상하면 물리적 해석 전에 이 표부터 대조한다.

TranSIESTA / TBtrans

증상	원인	처방	참조
TBT.kgrid_Monkhorst_Pack을 바꿔도 $T(E)$ 불변	블록을 TBtrans.fdf에 둠 — TBtrans가 transport 방향 k를 1로 자동 축소	블록을 input.fdf 맨 마지막에 배치	07
finite bias를 걸었는데 결과가 0 V와 동일	input.fdf에만 TS.Voltage 추가 — fdf는 중복 키워드 중 먼저 읽힌 정의가 유효해 TS.fdf의 0 eV가 그대로 유효함	TS.fdf의 TS.Voltage와 TBtrans.fdf의 TBT.Voltage 둘 다 수정 후 grep -i voltage *.fdf로 검증	09
bias 계산 시작 직후 You have to calculate the 0 V and re-use the TSDE 에러	이전 bias의 trans.TSDE 미복사	직전 bias에서 trans.TSDE(필수)·trans.DM·trans.XV 복사	09
bias 계산이 header mismatch로 즉시 크래시	trans.TSGF*·trans.TSCC* 등 bias 종속 캐시까지 복사	캐시류는 절대 복사 금지 — 자동 재생성됨	09
trans.TBT.nc가 수 GB, TBtrans OOM	TBT.T.Bulk·TBT.T.Eig·TBT.Current.Orb 같은 무거운 출력 옵션	미니멀 옵션 세트 유지 — eigenchannel은 sisl 후처리로 충분	07, 10
ballistic이어야 할 $T(E)$가 device 길이에 지수 감쇠	$\eta$ 과대 — sharp resonance가 과도하게 퍼져 생기는 인공 감쇠	$\eta$를 낮춰가며 수렴 확인, 에너지 격자 delta도 동반 축소	η broadening
eigenchannel 해석이 불명확	선택 에너지·밴드·PDOS·채널 대칭성을 함께 확인하지 않음	분석 목적에 맞는 에너지를 명시하고 $\sum_i\tau_i=T$를 검증	10
대칭 접합인데 I–V가 정류 특성을 보임	zero-bias 적분의 비대칭 window ($\mu_L=0$, $\mu_R=-V$)	대칭 window $\mu_{L,R}=\pm V/2$로 적분	08

SIESTA / VASP 공통

증상	원인	처방	참조
구조 간 에너지 차이가 재현 안 되는 노이즈 수준	SCF.DM.Tolerance 완화 (예: 1.0d-4)	튜토리얼 표준 1.0d-8 유지 — 에너지 비교의 전제	01
시작 직후 Pseudopotential file not found abort	ChemicalSpeciesLabel의 species와 .psml 파일 불일치 — 특히 다른 머신으로 이관했을 때	제출 전 species ↔ pseudo 파일 1:1 ls 대조를 습관화	Setup
(VASP) vacuum 정렬용 LOCPOT에 XC 기여 누락	LVHAR=T가 LVTOT=T를 override — 둘을 같이 켜면 Hartree+ionic만 저장	목적에 맞는 플래그 하나만: 전체 potential은 LVTOT, Hartree만은 LVHAR	03
셸 루프로 여러 계산을 제출했는데 첫 case만 돎	루프 안의 ssh/mpirun이 루프의 stdin을 소비	ssh -n 또는 < /dev/null 리다이렉트	12

공통 원칙

• 존재 확인과 작동 확인은 다르다 — 입력에 플래그가 있다고 기능이 켜진 것이 아니다. stdout echo를 grep해 실제 반영을 확인한다.
• 입력의 출처를 기록한다 — 어떤 스크립트로 만들었고 어떤 물리적 의도(치환 위치, vacuum, 격자 기준)인지 한 줄이라도 남기면, 결과가 이상할 때 "입력 버그인가 물리인가"를 즉시 판정할 수 있다.
• 템플릿 복사 시 outlier를 검사한다 — 남의 입력을 재사용할 때 수렴 기준·격자·출력 옵션이 자기 목적에 맞는지 핵심 5줄을 대조한다.